По статье 164 Налогового кодекса РФ - НДС на хлеб 10%, что для нашего примера 5000р.

Дальше что бы просчитать оставшиеся затраты нужно быть инсайдером:
-это зарплата
-амортизация
-платежи по кредитам
-логистика
и прочее...
Если не считать эти затраты получается на каждый вложенный рубль чуть больше 2х  рублей прибыли. Если считать по предложенной Вами схеме (затраты на производство столько же сколько стоит сырьё), то на каждый вложенный рубль полтора рубля прибыли.
Уже не такая крутая разница получается;) А если вспомнить, что прибыль должны разделить между собой хлебокомбинат и магазин, то не возникает ощущения сверхдоходов.

Мои слова косвенно подтверждаются отчетом по прибылям и убыткам Хлебокомбината №1 (http://www.chlebokombinat1.ru/2010/otchet_prib_ub2010.rar).